除了筑城之外，还有就是加强浙江的兵防了。
之前嘉靖准允戚继光在浙江招募营兵，用于御倭，但是等到戚继光把兵练出来，恐怕还需要时日，胡宗宪在戚继光练成新军之前还要另想办法，加强浙江的防备。
在和郑若曾、徐渭等人商量后，胡宗宪决定向朝廷请求设置杭严兵备一员；金衢兵备一员；嘉湖兵备一员； 台州兵备一员；温处兵备一员，五名兵备将浙江划分为五个地域，统筹防御。
同时，在浙江总兵下设分守杭嘉湖参将， 分守温处参将，分守宁绍参将，分守台金严参将四名分守参将，在总兵兵备的指挥下坐镇一方，好让戚继光专心练兵。
同时，对于浙江的卫所和各处水寨，也要加以整顿，朝廷本来在浙江设立了在浙江地区共设十六卫、 三十四守御千户所，其中海宁卫、海门卫、观海卫、盘石卫、金乡卫、松门卫、临山卫、昌国卫、 定海卫作为沿海卫所，有专司备倭的职责。
要是按朝廷的名册上，浙江的卫所官家数量可不算上，按军籍上的数字，浙江一省各卫有兵五万八千七百五十余人，水师力量更是不小，濒海九卫战船六百六十艘，可实际上有多少，那就只有天知道了。
指望浙江的卫所官军估计是不太现实的，胡宗宪等人把希望寄托在巡检司的弓兵身上。巡检司的弓兵并非正规军，而是地方民兵，由州县直接掌握。
来源主要有三：其一为均徭签派，即所谓弓兵者每县括民丁役之，统于巡检，这是弓兵来源最广泛的途径；其二为募民充役，此种情况多出现于倭寇比较猖獗后朝廷加强地方的防御能力； 其三永充弓兵，此种途径所占比例最小，永充的形式有两种，一种是在明初佥编的世籍弓兵，一种是因犯罪而被谪发充军。
巡检司有沿海和内地两种，沿海巡检司的设置主要在于备倭。浙江沿海巡检司有五十余处，分布于备倭要地。沿海巡检司虽属州县管辖，但是在军事上受卫所的节制。装备也比地方的弓兵要好一些，这些巡检司的弓兵由于常年与倭寇作战，战斗力还算不错。
就是布置的太过于分散了，每个巡检司只有八十到一百人，胡宗宪决定增加巡检司的兵额，以一百八十到两百人为基准，招募民间的骁勇，包围乡土。
本来浙江都指挥使司下有专门的浙江总督备倭都司，负责全省的备倭事宜，但是由于现在卫所废弛，根本起不到什么作用。
胡宗宪还是决定上奏朝廷，要求恢复大明之前的巡海制度。在太祖时期，倭寇也是频频作乱，袭扰大明沿海，明太祖震怒，亲自誓师，向海神祈祷后派遣明军水师巡海歼灭倭寇，太祖皇帝当时的祝词是：予受命上穹，为中国主，惟图 乂民，罔敢怠逸。蠢彼倭夷，屡肆寇劫，滨海郡县多被其殃。今命将统帅舟师扬帆海岛，乘机征剿，以靖边氓。特备牲醴，用告神知。
洪武七年春正月，广洋、江阴、横海、水军四卫正式开始出海巡倭：“诏以靖海侯吴祯为总兵官，都督佥事于显为副总兵官，领江阴、广洋、横海、水军四卫舟师出海巡捕海寇，所统在京各卫及太仓、杭州、温、台、明、福、漳、泉、潮 州沿海诸卫官军悉听节制。