又传达武宗遗令，裁汰威武营的各团练部队；周边部队入卫京师的都给以重赏，然后各归本镇；废除皇家商店和军门办事官校，原办事人员全部遣回家乡所在的卫所；哈密、吐鲁番、佛郎机各国进贡使臣都给以奖励，送他们回国；豹房的番僧及少林僧、教坊的乐队、南京的快马船等，凡不是经常例设置的，一切都被裁撤、解散。又按照武宗遗诏，释放南京被逮捕、关押的囚犯；送回各地进献的女子；停止京城里不急需的工程建设；收回了宣府行宫中的金银宝贝，放回到内库中。
嘉靖怎么会不知道，所谓武宗遗命，都是杨廷和的意思罢了。后来虽然杨廷和父子因为大礼议与嘉靖闹翻，甚至闹出了左顺门之变，但是嘉靖只是流放了杨慎，让杨廷和致仕罢了。但是等到嘉靖八年，杨廷和去世。
此时的嘉靖已经坐稳了皇位，对杨廷和就不再客气了，首先是嘉靖七年（1528年），《明伦大典》修成，世宗重定议礼诸臣之罪，杨廷和被定为罪魁。世宗降敕称杨廷和“为罪之魁，以定策国老自居，（以）门生天子视朕”，将其削职为民。
嘉靖八年（1529年）五月，杨恒去世，杨廷和哀痛过度。六月二十一日（7月25日），杨廷和在新都“端坐而逝”，享年七十一岁。以庶民礼下葬新都城西父亲杨春墓旁。一代权相就此落幕。
杨廷和对嘉靖的阴影实在是太大，导致嘉靖对阁臣的防范十分之严厉。之前夏言为何被杀？他与曾铣图谋复套只不过是个诱因，嘉靖对他早就不满，只不过借此爆发出来了而已。
夏言为相，专横跋扈，不容许任何人跟他作对，夏言重回相位后，一心排除异己，被他罢官、治罪的多达十余人，其中包括唐龙、王暐、王用宾、何鳌等，引起嘉靖的不满。同时夏言与曾铣的关系也被嘉靖怀疑，一个首辅，一个手纨兵符的边关帅臣，在朝堂上互相呼应，这才是嘉靖最终动了杀心的原因。
对于徐阶，嘉靖一直不太信任的原因就是他的心学背景。因为自正德以来，阳明心学的势力壮大，朝堂中的官员不少是王门弟子，其中徐阶更是执牛耳者，徐阶热衷于谈论心学，更热衷于提拔心学后进，在朝堂和地方拥有一大批拥趸，他们从地方州县到京师六部，科道御史，甚至翰林院、大理寺等衙门都有王门弟子。
嘉靖对徐阶深感忌惮就在于此，他不但是嘉靖二十六年会试主考，有三百多进士门生，更要命的就是就是遍布朝堂的王门弟子，这才是嘉靖不放心的地方。
万一日后徐阶真的成为首辅，依靠自己的门生和王学门人大权独揽，自己这个皇帝就危险了。所以嘉靖虽然知道严嵩的贪婪，但是从未动过更换严嵩的想法。
因为严嵩的所谓严党，只不过由一些趋炎附势之徒和严嵩的门生组成，根本对嘉靖构不成威胁，严嵩之所以能够坐稳首辅的位置，靠的是嘉靖的圣眷，一旦嘉靖厌弃他，严党顷刻之间就会土崩瓦解。
故而这次对严嵩的弹劾被嘉靖视为徐阶挑战首辅之位，这是嘉靖所不能容忍的，朕给你你可以收着，朕不给，你不能抢！